Zehn Jahre sind vergangen, seit Perseus Argos vom Kraken befreien konnte. Er versucht, nach dem Tod seiner Frau Io, mit seinem Sohn Helios das gewöhnliche Leben eines Fischers zu leben. Eines Nachts besucht ihn Zeus und erzählt ihm, dass der Glaube der Menschen an die Götter und damit verbunden auch ihre Kraft, langsam zu schwinden beginnt. Dadurch erstarken die Titanen. Die Mauern vom Tartaros werden schwächer und vermögen es nicht länger, dem Vater von Göttervater Zeus, Kronos, standzuhalten. Daher solle sich Perseus bereithalten, jedoch will dieser zum Wohle seines Sohnes, nicht mit dem Krieg in Verbindung kommen.
Ohne dass Zeus es ahnt, ist Kronos eine Allianz mit Hades, dem Gott der Unterwelt, und Ares, dem Kriegsgott, eingegangen. Zeus, Poseidon und Ares reisen in die Unterwelt, um mit Hades zu verhandeln. Dort wird der Verrat deutlich und Zeus wird gefangen genommen.
Da die Mauern vom Tartaros immer schwächer werden, können verschiedene Kreaturen aus der Unterwelt entkommen. Nachdem Perseus eine Chimäre tötet, die sein Heimatdorf angegriffen hat, nimmt er Helios mit zum Göttertempel, um mit Zeus Kontakt aufzunehmen. Statt Zeus erscheint aber der schwer verletzte Poseidon und gibt ihm den Auftrag, Agenor, Poseidons Sohn und ebenfalls Halbgott, zu finden, der ihn zu "Dem Gefallenen" bringen kann. Perseus muss nun handeln. Zusammen mit Königin Andromeda und Agenor, sowie dem im Olymp in Ungnade gefallenen Gott Hephaestus machen sie sich auf die gefährliche Reise, um Zeus zu befreien.
Auf dem Weg zur Unterwelt befreit Perseus Agenor von seinen Fesseln, da er vor dieser Reise von Königin Andromeda gefangen genommen wurde, und er bekommt von Perseus den Dreizack, den Poseidon ihm vor seinem Tod gab. Als Agenor ihn benutzt, findet er die geheime Insel, wo der Waffenschmied Hephaistos lebt, der unter Schizophrenie leidet. Währenddessen wird Zeus in der Unterwelt geschwächt und angekettet, damit sein Vater Kronos wieder auferstehen und Hades und Ares seine Kräfte übertragen kann. Auf der geheimen Insel angekommen, werden die Krieger um Andromeda von Zyklopen angegriffen und Agenor wird in einem Käfig verschleppt. Perseus liefert sich einen Kampf mit einem der Zyklopen und bringt die anderen Zyklopen dazu, ihn zu folgen. Nachdem er den Zyklopen den Dreizack zeigt, wird Agenor von ihnen zurückgebracht. Danach wird die Gruppe von den Zyklopen bis zum Versteck von Hephaistos getragen. Hephaistos willigt nur ungern ein ihnen zu helfen und gibt ihnen eine Karte, auf der ein Weg durch das Labyrinth zur Unterwelt eingezeichnet ist. Als Hephaistos das Tor zum Labyrinth öffnet, erscheint Ares, da die Soldatin Korrina zu ihm gebetet hat, und tötet bis auf Andromeda, Perseus und Agenor alle Anwesenden. Hephaistos opfert sich, indem er Ares ablenkt, so dass die drei in das Labyrinth entkommen können.
Nun müssen sie den Weg alleine zur Unterwelt finden. Mittels der Karte versucht Agenor, sie durch das Labyrinth zu führen, jedoch verschieben sich die Wände stetig, wodurch sie fast zerquetscht werden. Perseus wird dadurch von Andromeda und Agenor getrennt und trifft auf den Minotauros, den er mit Mühe bezwingen kann. Beim Ausgang des Labyrinthes kommt es zur Wiedervereinigung der Gruppe. Währenddessen hat Zeus fast seine gesamte Macht verloren und Kronos beginnt, sich von seinen Fesseln zu befreien. Zeus entschuldigt sich bei Hades für dessen Verbannung in die Unterwelt und bittet ihn um Verzeihung. Hades, der einen Sinneswandel hat, verzeiht ihm und versucht Zeus nun zu befreien. Ares verhindert dies aber und es kommt zum Kampf zwischen Hades und Ares. Perseus befreit in der Zwischenzeit Zeus und versucht, mit ihm zu fliehen. Dabei wird Zeus jedoch schwer von Ares verwundet. Perseus, Agenor und Andromeda bringen Zeus zu Andromedas Lager vor dem Berg, wo sich bereits ihre Armee eingefunden hat. Zeus erklärt Perseus, dass er den Speer von Trium braucht, um Kronos zu bezwingen. Dieser setzt sich aus Poseidons Dreizack, Hades Zweizack und Zeus Blitz zusammen. Da Perseus nur noch Zeus Blitz fehlt und sich dieser in der Hand von Ares befindet, fordert er ihn zu einem Kampf im Göttertempel heraus. Währenddessen finden die Vorbereitungen für die Schlacht gegen Kronos und seine Untertanen statt. Perseus verabschiedet sich von Andromeda und Agenor und fliegt mit Pegasus zum Göttertempel. Dort angekommen, findet er Ares und seinen Sohn Helios, den Ares entführt hat. Beide liefern sich einen langen Kampf und Perseus tötet, durch die Liebe zu seinem Sohn angetrieben, seinen Bruder Ares.
In der Zwischenzeit droht die Armee von Andromeda von Kronos Truppen überrannt zu werden. Hades erscheint auch auf dem Schlachtfeld und gibt einen Teil seiner Kräfte dem verwundeten Zeus und die beiden kämpfen zusammen gegen Kronos und seine Armee. Perseus und Helios fertigen den Speer von Trium. Perseus fliegt auf Pegasu los und schafft es, Kronos zu töten indem er den Speer seine Kehle hinunter wirft, da Kronos durch die Angriffe von Zeus und Hades abgelenkt ist. Jedoch wird Zeus dabei tödlich von Kronos letzter Attacke verwundet, da er versucht hatte, Hades zu beschützen. Nachdem Kronos gefallen ist, kommt es zum Treffen zwischen dem im Sterben liegendem Zeus und Perseus. Zeus bittet Perseus, seine Macht weise zu benutzen, da das Zeitalter der Götter zu Ende sei. Nach diesen Worten stirbt er vor Perseus Augen. Hades kehrt in die Unterwelt zurück. Nach der Schlacht bereitet sich die Armee von Andromeda auf den nächsten Kampf vor und es kommt zum überraschendem Kuss zwischen Perseus und Andromeda. In der letzten Szene erklärt Perseus Helios, dass sie nicht nach Hause können. Perseus gibt Helios sein Schwert und fragt ihn, ob es vom Gewicht zu schwer sei. Dieser antwortet darauf mit "Nein"